В Ладожском озере обитает уникальный подвид кольчатой нерпы — ладожская нерпа. Это эндемик, то есть он не встречается больше нигде в мире. Считается, что предки этих тюленей оказались изолированными в озере около 11 тысяч лет назад, после отступления ледника. За тысячелетия изоляции они приспособились к жизни в пресной воде. Ладожская нерпа — один из трёх пресноводных видов тюленей в мире, наряду с байкальской нерпой и сайменской нерпой из Финляндии. Этот редкий подвид занесён в Красную книгу России как уязвимый из-за загрязнения озера и браконьерства.
