Облигатные анаэробы не переносят присутствия молекулярного кислорода в окружающей среде, так как он оказывает на них токсическое действие из-за отсутствия у них защитных ферментов, таких как каталаза или супероксиддисмутаза. К этой группе относятся многие почвенные бактерии и возбудители опасных инфекций.
